Določitev cen za storitve navigacijskih služb zračnega prometa ureja zakonodaja EU, ki je enotna za vse države članice in ne omogoča razlikovanja cen po posameznih uporabnikih storitev. Cena se določa tako, da se vsi stroški, povezani s storitvijo navigacijskih služb zračnega prometa, delijo s predvidenim obsegom prometa, torej s številom enot storitve. V Sloveniji gre za pokrivanje stroškov Kontrole zračnega prometa Slovenije, d.o.o., Agencije RS za okolje (letalska meteorologija) ter Javne agencije za civilno letalstvo RS.
Cene na enoto storitve določi minister pristojen za promet, v končni fazi pa se le-te, po usklajevanju z uporabniki storitev navigacijskih služb zračnega prometa (pretežno letalske družbe), potrjujejo na nivoju organizacije Eurocontrol, katere članica je tudi Slovenija.
Slovenija je s preletno pristojbino 68,47 EUR za leto 2015 na desetem mestu med državami članicami Eurocontrol, lestvica do dvanajstega mesta pa je sledeča:
| Država | Preletna pristojbina v letu 2015 | |
| 1. | Švica | 98,64 |
| 2. | Velika Britanija | 92,56 |
| 3. | Nemčija | 90,26 |
| 4. | Italija | 78,91 |
| 5. | Avstrija | 73,45 |
| 6. | Španija | 71,80 |
| 7. | Belgija | 70,79 |
| 8. | Luksemburg | 70,79 |
| 9. | Francija | 70,11 |
| 10. | Slovenija | 68,47 |
| 11. | Nizozemska | 66,68 |
| 12. | Švedska | 66,40 |
Vir: Sklep razširjene komisije EUROCONTROL, Odločitev št. 132 z dne 5.12.2014