Enota svoj praznik praznuje 7. julija, ko je leta 1991 začel operativno delovati prvi radar »3 Mark 7«. Na slovesnosti je major Andrej Jančevski, poveljnik 16. BNZP, najzaslužnejšim pripadnicam in pripadnikom podelil medalje in priznanja.
Začetki enote segajo v leto 1991, ko se je med osamosvojitveno vojno v okviru zračne obrambe oblikovala Služba za nadzor zračnega prostora, ki je skupaj z že obstoječo mrežo za vizualno opazovanje prostora skrbela za celovit nadzor zračnega prostora. Leto dni kasneje, 2. junija 1992, je bil ustanovljen 16. BNZP.