Vlada RS je leta 2006 sprejela Sklep o uvrstitvi letališča Cerklje ob Krki v sistem javnih letališč, namenjenih za javnemu zračnemu prometu. Posledično morajo vse službe na letališču Cerklje ob Krki poleg vojaških zahtev upoštevati tudi civilne predpise s področja letalstva, ki opredeljujejo zahteve, licence in pogoje za obratovanje javnega letališča. Ker so osebju Gasilsko reševalne ekipe na letališču potekle licence, je obratovalec letališča moral zapreti letališče za ves civilni promet. S spremembo zračnega prostora v G zračni prostor, v katerem je dovoljeno letenje vseh letalnikov brez omejitev, je Slovenska vojska obdržala možnost uporabe letališča Cerklje ob Krki za vojaške helikopterje za primere izrednih in drugih razmer. Ostale svoje letalnike je preselila na vojaški del letališča Jožeta Pučnika Brnik, kjer so nadaljevali s svojo dejavnostjo.

Z ureditvijo licenc osebja gasilsko reševalne ekipe so bili ukinjeni razlogi za zaprtje letališča, zato se vsi vojaški letalniki vračajo na svoje matično letališče, ki je takoj pričelo z normalnim obratovanjem, skladno z delovnim časom in drugimi obvestili, objavljenimi v NOTAM - obvestilih. Obvestila si lahko ogledate na internetni strani Slovenske kontrole letenja.